Gunzenhausen byl prvně zmíněn roku 823. V roce 1368 zdědil město purkrabí Friedrich z Norimberka a změnil ho na sídlo Hohenzollernů. Město získalo právo na konání jarmarků, povolení ke stavbě rozsáhlého opevnění stejně jako velkého městského kostela a tímto se už v prvních desetiletích panství Hohenzollernů ocitlo v době rozkvětu. Právě v Gunzenhausenu jsou také stopy, které zanechali Římané v Bavorsku, velmi patrné: Zde probíhala Hornogermánská raetská opevněná hranice římské říše.
Státem uznávané rekreační středisko leží u jezera Altmühlsee.
