Písemně byl Neustadt an der Waldnaab poprvé zmíněn v roce 1218. Město leželo na důležitých obchodních stezkách, které se křižovaly u Neustadtu. Roku 1353 spojila sňatkem s Karlem IV. panství Sternstein-Neustadt Anna z Wittelsbachu. Roku 1354 věnoval král Karel IV. občanům Neustadtu les, který je společně užívaný až do současné doby. Jako důkaz věrohodnosti tohoto daru zde zanechal Karel IV. svou rukavici, která je uložena v muzeu města Neustadt.
Od roku 1427 byl Neustadt ohrožován husity. Neustadt se chránil smlouvou uzavřenou 5.7.1434 s Čechy: Útoky musejí být do budoucna oznámeny 14 dní předem. Roku 1562 bylo panství Sternstein-Neustadt převzato českým šlechtickým rodem Lobkoviců. Neustadt se stal knížectvím. Díky nově založenému Rýnskému spolku byly roku 1806 na nátlak Napoleona zrušeny malé státy a Neustadt an der Waldnaab přešel k Bavorskému království. S výstavbou železnice nabyl Neustadt během krátké doby značného významu. V Neustadtu se usídlily sklářské fabriky z Bavorského lesa a během pár desetiletí se stal Neustadt evropským centrem olovnatého skla.
Dne 15.10.1414 vešel Jan Hus se svojí družinou po cestě z Bärnau přes Thanhausen, Hohenthal, Plößberg, Wildenau, Püchersreuth a Störnstein do Neustadtu an der Waldnaab. V jednom dopise z 24.10. 1414 se můžeme o Neustadtu dočíst: „Pak v Neustadtu mě všichni Němci rádi viděli.“ Přes dnešní vnitřní vorařskou silnici došla družina Jana Husa do Neustadtu, dojela na náměstí směrem na Altenstadt a Weiden. Starý zámek z 12. století na náměstí Neustadtu musel tedy Jan Hus také vidět.
