Kladruby wurde erstmals in Zusammenhang mit der Gründung des Benediktinerklosters 1115 erwähnt. Der Ort lag günstig auf dem Weg nach Nürnberg. Die Silbererz-Gewinnung in der Umgebung kam der Ortschaft zusätzlich zugute. Kladruby wurde vom König 1233 zu einer Stadt mit Marktrechten und Braurechten erhoben. Auch die Benediktiner wurden dank dem Silber aus den Bergwerken und den großen Besitztümern, mit denen sie der König ausgestattet hatte, sehr wohlhabend. Die 1233 fertiggestellte romanische Basilika war zur damaligen Zeit die größte Kirche in Böhmen.
König Wenzel IV. hatte Streitigkeiten mit dem Erzbischof Jan von Jenštejn. Dessen Macht wollte der König durch ein neues Bistum in Kladruby mit einem loyalen Bischof schwächen. Nachdem der dortige Abt gestorben war, organisierte der Erzbischof schnell die Wahl eines neuen Abtes. So konnte er den Plan des Königs untergraben. Generalvikar Johánek Pomuk bestätigte den Nachfolger des Abtes sofort. Der König wütete schrecklich und seine Wut traf auch Pomuk. Er wurde gefoltert und 1393 tot in die Moldau geworfen. Im 18. Jh. wurde Johánek als Märtyrer unter dem Namen Jan Nepomucký kanonisiert.
In der Zeit der Hussitischen Kriege verarmte das Kloster. Vavřinec aus Březová schreibt in seiner Chronik: „Dann im gleichen Jahr (1421) im Monat Januar rückte Žižka mit dem Volk aus Tábor in das Pilsener Land und besetzte Chotěřov, Kloster der Nonnen und Kladruby, Kloster der Mönche. Als Žižka abzog, belagerte König Sigismund Kladruby und feindlich attackierte er mit Schleudern und Gewähren. Inzwischen verbündete sich Žižka mit den Pragern. Und als sie fünf Meilen entfernt waren, floh Sigismund nach Litoměřice“.
Während die Stadt in der nächsten Zeit aufblühte, lösten sich die finanziellen Probleme des Klosters nicht. Es wurde zudem noch verwüstet und ausgeraubt, 1590 brannte es aus. Erst nach dem Dreißigjährigen Krieg besserte sich die Lage des Klosters, die Marienkirche wurde erbaut, ein neuer Konvent und eine Bibliothek errichtet. 1785 wurde das Kloster von Kaiser Josef II. aufgelöst, 1825 erwarb Fürst Alfred Windischgrätz das Areal.
Seit 1945 ist das Kloster Staatseigentum und heute der Öffentlichkeit zugänglich.
