Im 13. Jahrhundert, als Mýto zum ersten Mal Erwähnung fand, lag der Ort an einer wichtigen Handelsverbindung zwischen Prag und Bayern. Hier stand eine Mautstelle, von der sich auch der Name der Stadt Mýto, zu Deutsch Maut, ableitete. Die Einnahmen aus der Maut waren so ertragreich, dass König Johann von Luxemburg das Recht zur Wegmaut an Peter von Rosenberg vergab, der dafür mit bewaffneter Begleitung Schutz für die Reisenden von Pilsen bis Žebrak, später auch bis nach Mýto zu gewährleisten hatte. Zu dieser Zeit waren schon Geschäfte, ein Barbier und ein Gasthof in der Stadt.
Während der Hussitischen Kriege sammelte Prokop Holý hier sein Heer vor der Schlacht bei Domažlice. In Mýto wirkte zu der Zeit ein hussitischer Pfarrer, vielleicht blieb die Stadt deswegen verschont. Während des Dreißigjährigen Krieges litt die Bevölkerung stark; die Stadt wurde mehrmals geplündert und ausgebrannt.
